В Batman: Arkham City существует большое количество разных пасхалок и различных секретов.
1. О том как Джокер умеет и поёт «Only You»
После того как проходите игру, неважно на каком уровне сложности. В конце, когда будут идти финальные титры, можно услышать звонок Бэтману от Джокера, который совершил перед своей смертью. В этом звонке Джокер поёт песню «Only You», своему единственному «другу», только Бэтман мог понять, что твориться внутри у Джокера.
2. Тест на беременность Харли Квинн
В том месте, где обитает Джокер, логово находится на сталелитейным заводе, возле костюма, который принадлежит Харли Квинн из Arkham Asylum, можно заметить тест на беременность. На тесте показаны две полоски, что говорит нам о том, что Харли беременна.
3. Вторая песня, но уже от Харли
После завершения игры в режиме New Game Plus, когда идут финальные титры, можно разобрать голос Харли, которая поёт «Hush, Little Baby» своему ребёнку. Это подтверждение тому, что она была беременна или ребёнок уже появился на свет.
4. Тайные радиосообщения
Во время прохождения игры можно использовать дешифратор, в некоторых местах можно найти три скрытые частоты, они будут передавать код из цифр. При расшифровки данных кодов, можно услышать. Первое сообщение «Помни, Я вернусь, Бэтман». Вторая расшифровка гласит «Вы пожалеете за то, что сотворили со мной». Третий код повествует о следующем сообщении «Готэм Сити взорвётся, от переполняющего страха». Все эти три кода, после расшифровки дают нам одно слово «Пугало». Пугало или известный как Доктор Джонатан Крэйн, который являлся одним из самых запоминающихся злодеем в Arkham Asylum, а в действующей части сам лично никогда не появлялся. Возможно, в новых частях игры, он решит завладеть и покорить Готэм Сити.
5. Крок убийца
В Arkham City вы имеете возможность встретиться с одним из главных злодеев в части Arkham Asylum. Чтобы найти его убежище, следует после победы над Рас Аль Гулом выйти из сточных труб канализации. Не надо спешить к следующей цели сюжетной линии, возвратитесь ко входу в Чудо Город.
6. Тайно логово Пугала
Если попасть в Индустриальный район города в Arkham City и залесть на лодку. Вы можете использовать дешифратор, но следует включить его на борту корабля, после этих действий можно будет взломать самый тайный пароль в городе, он будет звучать наподобие «Город Страха». После взлома, в лодке появится люк и можно проникнуть в логово Пугала. В убежище будет находиться ящик с тараканами и один преступник, над которым Пугало ставил эксперименты. Будет висеть также таможенная декларация. На ней написано «Живые насекомые, для использования в медицинских экспериментов». Можно предположить, что Пугало хочет заразить ядом своих тараканов и отправить их в город, чтобы Уничтожить Готэм Сити.